朝の歯みがきは起床時にするのか、朝食後にするのか悩ましいですよね。むし歯や歯周病を防いで歯の健康を保つためには、歯みがきをするタイミングが重要で、”食後には必ず”歯みがきすることをおすすめします。

にっかちゃんさんの仰る通り、朝起きた時はお口の細菌が多いです。
唾液には食べカスやプラーク（歯垢）を洗い流す自浄作用と、細菌の繁殖を抑える抗菌作用がありますが、就寝中は日中と比べて唾液の分泌量が減るため、一日の中で最も細菌が繁殖します。
細菌の増殖を抑えるためには、就寝前の歯みがきをしっかりして、お口の中に残る細菌を少しでも少なくすることが大切です。それでも起床時にお口の中の不快感があれば、歯をみがくようにしましょう。

しかし、起床時に歯みがきしても、食後には食べカスが残ります。お口の中の食べカスや歯垢を落とし、むし歯や歯周病の原因となる細菌を除去しておく方が良いので、朝食後にも歯みがきすることをおすすめします。